La visita guidata si articola in due momenti principali: il percorso in Cattedrale, con particolare attenzione agli affreschi delle cappelle del transetto, e il percorso museale, dove sono conservati alcuni dei capolavori originali del complesso, tra cui il celebre pulpito di Donatello, importanti tavole dipinte come quelle di Filippo Lippi e Botticelli e la Capsella della Sacra Cintola, prezioso reliquiario utilizzato tra il 1446 e il 1633 per la custodia della reliquia più venerata della città.